Maaari ding gamitin ang mga modelo ng homology upang tukuyin ang mga banayad na pagkakaiba sa pagitan ng mga nauugnay na protina na hindi pa lahat ay nalutas sa istruktura . Halimbawa, ginamit ang pamamaraan upang matukoy ang mga cation binding site sa Na+/K+ ATPase at upang magmungkahi ng mga hypotheses tungkol sa iba't ibang ATPase' binding affinity.
Para saan ginagamit ang mga modelo ng homology?
Ang
Homology modeling ay isa sa mga computational structure prediction method na ginagamit upang matukoy ang 3D structure ng protina mula sa amino acid sequence nito. Ito ay itinuturing na pinakatumpak sa mga pamamaraan ng paghula ng istraktura ng computational. Binubuo ito ng maraming hakbang na diretso at madaling ilapat.
Ano ang homology modeling at bakit ito kailangan?
Nakukuha ng pagmomodelo ng homology ang ang tatlong dimensional na istraktura ng isang target na protina batay sa pagkakapareho sa pagitan ng template at mga target na pagkakasunud-sunod at ang diskarteng ito ay nagpapatunay na mahusay pagdating sa pag-aaral ng mga protina ng lamad na mahirap i-kristal tulad ng GPCR dahil nagbibigay ito ng mas mataas na antas ng pag-unawa sa …
Paano ka gagawa ng modelo ng homology?
may ilang hakbang na kasangkot sa pagmomodelo ng homology
- pagpili ng template gamit ang iyong target na sequence. Para sa layuning ito maaari kang gumawa ng BLASTp na paghahanap laban sa lahat ng magagamit na mga istruktura ng protina (PDB). …
- Pag-align ng template at target na sequence. …
- Kalidad ng iyong modelo. …
- Pagpipinong iyong modelo nang naaayon.
Ano ang gumagawa ng magandang homology Modelling?
Kung tutukuyin natin ang isang "highly successful homology model" bilang isang may <=2 Å rmsd mula sa empirical structure, kung gayon ang template ay dapat may >=60% sequence identity na may target para sa isang tagumpay rate >70%. Kahit na sa mataas na pagkakasunud-sunod na pagkakakilanlan (60%-95%), kasing dami ng isa sa sampung modelo ng homology ang may rmsd >5 Å vs.
