Chromosome conformation capture (3C)-based na mga pamamaraan ipinapakita ang chromosome organization sa loob ng nucleus sa pamamagitan ng pagtukoy sa pisikal na kalapitan ng mga pares ng mga punto sa kahabaan ng chromatin. Pinapanatili nila ang mga pakikipag-ugnayan ng chromatin sa pamamagitan ng cross-linking na sinusundan ng fragmentation, ligation at sequencing ng mga nakikipag-ugnayang rehiyon.
Paano gumagana ang chromosome conformation capture?
Chromosome conformation capture-on-chip (4C) kinukuha ang mga pakikipag-ugnayan sa pagitan ng isang locus at lahat ng iba pang genomic loci. Ito ay nagsasangkot ng pangalawang hakbang ng ligation, upang lumikha ng mga self-circularized na mga fragment ng DNA, na ginagamit upang magsagawa ng inverse PCR. … Sa isang microarray, humigit-kumulang isang milyong pakikipag-ugnayan ang maaaring masuri.
Ano ang chromatin conformation capture?
Ang
Chromatin Conformation Capture (3C) ay isang mahalagang teknik na ginagamit upang pag-aralan ang chromatin structure, pati na rin ang batayan para sa ilang iba pang derivative technique. … Kasama sa protocol ang formaldehyde cross-linking ng mga cell na sinusundan ng chromatin isolation at digestion na may restriction enzyme.
Paano gumagana ang Hi-C sequencing?
Ang Hi-C approach ay nagpapalawak ng 3C-Seq para i-map ang mga contact sa chromatin sa genome-wide, at nailapat din ito sa pag-aaral ng mga in situ chromatin interaction. Sa pamamaraang ito, ang mga DNA-protein complex ay pinag-crosslink sa formaldehyde. Ang sample ay pira-piraso, at ang DNA ay kinukuha, pinag-ligat, at natutunaw gamit ang mga restriction enzymes.
Ano ang Hi-C technique?
Ang klasikal na teknik na Hi-C ay nagsasangkot ng restriction digestion ng isang formaldehyde cross-linked genome na may sequence specific restriction enzymes, na sinusundan ng pagpuno at pagkumpuni ng mga digested na dulo na may kasamang mga nucleotide na nauugnay sa biotin. Ang mga naayos na dulo ay muling pinagkakaguluhan.
