Primer dimer artifact ay karaniwang nangyayari sa isang malaking threshold cycle number (karaniwan ay > 35 cycle), na mas mataas kaysa sa threshold cycle number para sa gustong amplicon. Ang mga primer na dimer ay tumataas nang husto kapag idinagdag ang heterologous genomic DNA.
Saan mo makikita ang mga primer na dimer sa isang DNA gel?
Sa non-quantitative endpoint PCR, lalabas ang primer dimer bilang mas o mas kaunting faint smear sa isang agarose gel, ibaba ng product band of interest.
Paano nabuo ang mga primer na dimer?
Ang mga primer na dimer ay nabubuo kapag ang dalawang primer ay nagbubuklod sa isa't isa, sa halip na sa template na DNA, dahil sa mga rehiyon ng primer na complementarity.
Paano mo malalaman ang mga primer na dimer?
Ang pinakamadaling paraan upang suriin ang mga primer-dimer ay upang ihambing ang iyong mga reaksyon sa iyong negatibong kontrol (tubig sa halip na DNA o RNA). Mabubuo pa rin ang mga primer na dimer sa negatibong kontrol. Ang ilang mga primer set ay mas malamang na bumuo ng mga dimer kaysa sa iba.
Bakit lumilitaw ang mga primer na dimer?
Karamihan sa mga primer dimer ay nakikita dahil sa mataas na konsentrasyon ng primer sa PCR reaction mixture. O kung walang PCR amplification at makikita mo sa primer dimer sa agarose gel. Kung nakikita mo ang produkto ng PCR, maaari mong bawasan ang konsentrasyon ng prime at panatilihing pareho ang iba pang mga kundisyon.
